İstanbul – Üsküdar – Karacaahmet kabristanında. İnadiyeden Karacaahmet sultan dergahına giderken .
Atpazari Şeyh Osman Efendi’nin Halifesi ve damadı.
Odabaşı Şeyhi lakabıyla tanınmış olan Amasyalı Fenayi Mustafa Efendi’nin oğlu, Atpazari Şeyh Osman Efendi’nin damadıdır. İnabet ve hilafeti kaimpederi Osman Efendi’dendir. Babasının inabet ve hilafeti Şeyh Selami Ali Efendi’dendir. Vefatına, ‘Şeyh rahil (Şeyh göçtü)- 1149’ tarih vaki olmuştur.
Celvetiye Tarikatı’nın fazilet sahibi bir Şeyhi olan Yakup Gafuri Efendi, ilmi tahsilini babasıyla zamanın kemal sahibi alimlerinden ikmal ettikten sonra Üsküdar’da Atpazarı yakınında yaptırdığı Celvetiye Dergahı’nda ilim ve irfanı neşretmekte olan Şeyh Osman Efendi’ye intisab etmiştir. Bir çok eserleri ve divance teşkil edecek kadar arifane ilahileri vardır.
Kabri, İnadiye’den Karacaahmet Türbesi’ne giderken, sağ tarafta, Yuksekkaldırım adlı yerde, annesinin yanındadır. şahidesi şudur;
Celveti Mahmud Efendi’ye halife idi bu
Lezzet-i dünyaya kat’a eylemezdi arzu
Giceler kaim, günü savm üzre geçdi nice yıl
Hak budur kim rah-ı takvada iderdi cüst ü cu
Mürg-i ruhu Cennet-i firdevs içinde ola şad
Sebz-i bağ-ı gulşen-i Adn ide daim su-be-su
Bir elif kamet gidub fevtinde tarihin didi
Kutb-i Hak Yakub Efendi bezm itdi Hakk’a Hu
Sene 1149 fi Ramazan 15
17 Ocak 1737 tarihinde vefat etmiş olan Yakup Efendi’nin oğlu Ahmet Efendi, Selami Ali Efendi Tekkesi’nin Şeyhi idi. 1196 (1782) tarihinde vefat ederek, babasının yanına gömülmüştür.